剧情上没有任何差别。 唯一的差别就是御三家方面，DP版初始御三家为小火猴，圆企鹅以及嫩苗龟；BW版的御三家为暖暖猪，水水濑以及藤藤蛇。

DP版可以获得除BW御三家以外的所有精灵(包括神兽)，BW则可以获得除DP御三家以外的所有精灵(包括神兽)。即使是通过联机传送，DP和BW的专属御三家也无法进入到另一版本，最多产生问号精灵。