1、编制不同。公安派出所是地方编制，边防派出所是武警编制。

2、任务不同。公安派出所的主要任务是维护社会治安，开展社会治安综合治理，边防派出所的主要任务是以反走私、反偷渡，维护边境安全和国家利益为主要任务的。

3、经费来源不同。公安派出所的经费来源只要是地方政府拨款，边防派出所的的经费来源是由国家军费列支。

4、两者身份不同。公安派出所人员是国家公务员，边防派出所人员是现役军人。

法律依据：《中华人民共和国国防法》 第十五条 地方各级人民代表大会和县级以上地方各级人民代表大会常务委员会在本行政区域内，保证有关国防事务的法律、法规的遵守和执行。地方各级人民政府依照法律规定的权限，管理本行政区域内的征兵、民兵、预备役、国防教育、国民经济动员、人民防空、国防交通、国防设施保护、退出现役的军人的安置和拥军优属等工作。 第十六条 地方各级人民政府和驻地军事机关根据需要召开军地联席会议，协调解决本行政区域内有关国防事务的问题。