区别在于指代不同、用途不同。雨水井是指在城市排水管网中专门用来排雨水等较干净的水，大体属于非污染水，它侧面有孔与排水管道相连，底部有向下延伸的渗水管，可将雨水向地下补充并使多余的雨水经排水管道排走，起到减缓地面沉降的作用。

污水井则是指城市中污水排放、排污的下水井，起到排除城市中含有各种杂质，污物，成分混杂的污水的作用。