电影讲述哈利·波特得到一本曾经属于神秘的混血王子的魔药书，借助于混血王子在书上做的注释在魔药课实验上大获成功。但随着课程的深入，这些注释上的咒语也越来越黑暗。同时伏地魔想方设法想要摧毁哈利的世界，而年轻人也经受着青春期荷尔蒙躁动的困扰。

哈利发现自己越来越被金妮·韦斯莱吸引，在罗恩有了一位格林芬多女友拉文德·布朗后，赫敏也要面对自己对罗恩的感情。