从专业培养角度上看，温州医科大学仁济学院学院的师资和附属医院来自温州医科大，更加专业全面，学生受到训练、接触高层次医疗专家更容易，视野格局也更高。绍兴文理学院的临床医学是新办不久的专业（原来开办的护理专业），附属医院也较差，故而后者比前者更好！

但是绍兴文理毕竟是公办院校，出来受认可度可能更高些，但这其实影响不大。医院更看重实际工作能力，以及有没有几个证书。此外，温州医学院的校友在浙江省太广泛了，绍兴文理在这点上差距有些大哦。仁济学院的毕业生应该会更容易获得温医系统医院，收获一些就业机会。

但是无论哪个医学院毕业，建议一定考硕士，这点上看仁济学院相比其他二本医学院，可能进入温州医科大的概率更高。相比而言，绍兴文理学院则在考研方向上没有太多优势。综上所述，我建议去温州医科大学仁济学院（独立学院）临床医学专业。