直线职能型组织结构的主要问题一般是由于管理职能分配在直接管理之外的“参谋”位置，导致在管理过程中管理职能经常不能有效的发挥和行使应有的管理作用。在实际管理实践中，这种“结构”性的“缺点”确实存在。但是，根本上还是来自人，来自人的主观管理意识对管理协同的影响。即人决定了这种“结构”性“缺点”的影响程度。下述解决原则供参考：

1. 从管理组织方向的解决原则是，以管理职能为根据建立管理体系，通过管理体系建立组织结构中孤立、分散的管理职能之间的直接管理联系，解决管理协同问题。例如：以质量管理部门为质量管理体系的管理业务领导，实现对质量管理的全面管控。

2. 管理的根本在于人。对人的管理是管理永恒的基本命题。这是任何企业组织形式都不能直接解决的问题。对人的管理不仅是约束，更重要的是培养建立在共同利益上的理解、帮助、尊重和人性关怀——共患意识。企业中的人际关系，决定了企业的组织管理关系及其影响。所以，需要在人及与人相关的管理方向上持久努力。

任何管理组织型式都有结构性的问题，所有结构性的问题之所以成为问题都有一个共同的原因——组织中的人和人际关系。对于企业来说，组织型式没有最好，只有最合适。任何组织形式的企业都可能因卓越的管理成为最优秀的企业。