穹之扉设定了三个结局。

常见结局就是在神都华胥打完BOSS“凶神共工”后，子巧和凤煜回到人间成为了夫妻，并且商国在他们两的治理之下恢复繁荣与稳定，出现中兴之治。两人可以说是一个完美的结果。“凶神共工”死亡后，神都华胥将要坠落，要让它继续维持在天上的办法就是再次牺牲华胥族人的神魂开启祭坛，但是失去神魂之后就会成为石人。而此时华胥族人就剩下沐月，最终还是选择了保住华胥不坠落人间，成为一个石像。司空宇选择了留在华胥陪伴已是石像的沐月，并没有独自返回人间。

第二结局：如果有触发“精诚所至”任务，在完成的过程中，司空宇会面对一个选择，可以返回有熊村，他的族人和青梅都不会死去，和他们继续生活在一起。但同时司空宇也会失去自见到沐月三人之后的所有记忆，整个游戏到此结束。

完美结局：当在做“精诚所至”任务时，没有选择返回有熊村，而是继续游戏，将所有任务后续都完成。那么在游戏的最后，所有片尾都结束后，会出现一个隐藏结局。司空宇独自一人倚靠沐月自言自语的时候，沐月突然醒了过来，两人最终在一起。而维持华胥不落的力量则是来自魂灵并未消失的共工和她的姐姐季阳，自此游戏也就真正结束。