故事的开始，柯南身份被琴酒和伏特加识破并被擒住，小兰眼看就要遭遇毒手……原来是一场梦。 小五郎被请去参加警视厅召开的案件侦破会，发现里面的警察都是熟面孔…… 警视厅的松本警视、静冈的横沟警部，神奈川的横沟警部，群马的山村警部，长野的大和警部，崎玉的荻野警部，京都的绫小路警部，长野的上原刑事，当然还有永远都少不了的，东京的目暮、白鸟、佐藤、高木跟千叶。 需要侦破的案件是发生在东京以及周边省县的连续杀人案，死者们身份看不出什么共同点，但是他们死后都被拿走了一件随身物品，却留了张麻将牌在身边。

期间柯南说千叶好像瘦了，千叶很高兴的大讲特讲。

而小五郎则说白鸟好像胖了，白鸟很尴尬：“别开玩笑好么？我也是每周去两次健身房的呢！”

中途推理时，大叔又做出了那种很荒谬的推论……目暮说如果工藤在就好了……高木很多嘴的说在那场黑衣骑士的戏里，新一出现了……正好，被某内奸听到了…… 侦破会后，山村随口唱着《七つの子》，原因是在厕所里听到有人用手机按出了相似的声音，柯南震惊追出去一看，一人走进了黑色保时捷356A。

柯南从而确定侦破会的众多参与者当中，混有易容高手贝尔摩得。

后在商厦追捕嫌疑犯时，柯南发现被作为人质劫持的人居然也是贝尔摩得假扮的，（理由是看到她口袋里有手枪形状的东西……）营救之后找她问事情原由。 原来是被害者当中一人被拿走的物品当中，夹带着组织里的NOC名单。

柯南看到贝尔摩得也得出结论，潜伏在警察当中的人是他人假扮，而被替换的人是谁呢？

（是目暮的上司!松本……） 而这时一个神秘的黑衣组织成员IRISH，正在紧锣密鼓的调查柯南的身份，也得出柯南=新一的结论。

（高木很多嘴地在他面前说了他曾经看到新一的事。于是IRISH用了黑衣骑士面具上新一的指纹，跟美工课柯南捏的海豚上的指纹对比，竟然98%相似） 之后演出了一出黑衣组织阻拦警察去最后一个受害者家的狙击戏，当基安蒂的枪瞄准高木说了句“可爱的男生”，而科恩的枪瞄准佐藤说了句“不错的女人”， 两人同时射击时，真是吓死某惜了……（我家高木呀！可千万不能有事儿。

当然了……他家的佐藤最好也别出事儿）还好只是车轱辘被打爆了。

组织还没有那么傻，直接和警察对抗。

佐藤也感觉出那是狙击，当然跟高木说了，可是我家单纯的高木说她应该是多心了。

可佐藤还是怀疑警察队伍里混了奸细（敏感而警觉的女人啊）。

佐藤、高木在博士、小哀跟侦探队的联系之后，成功解救被调换、关押了10天的人物。

在后半部分，通过观看星象，小五郎也顺利地推理出了一些脉络。 故事的最后柯南在服部、灰原的帮助下，推理出连续杀人案的凶手会出现在东京塔，赶去、遇到凶手、又遇到假扮警察的IRISH，对方拿到了想要的名单， 小兰由于看到电视录象里柯南的样子，去了铁塔……为了保护柯南与IRISH发生激斗，她想用踢头攻击，谁知道IRISH是个空手道高手……兰被打倒……（个人认为小兰被打倒的原因是，她踢坏了他的假面，那时候他的脸看起来像毁了容的僵尸……）就在他要解决兰的时候，兰突然想起TV001中新一告诉她的关于弹道的原理……成功躲过子弹，只是头发被打碎很多…… 柯南为了保护小兰，用变声器和手表灯引IRISH来到东京塔顶，从他的话里得知自己身份已被拆穿，但是IRISH不想杀死他，而是要带柯南去见“那位大人”，以琴酒的重大过失来扳倒琴酒，因为琴酒轻易的就杀死了那个IRISH当做父亲般尊敬的匹斯可。 所以他并没有将柯南的真实身份说出去~~~然后就开始虐柯南……比大叔虐待他更可怕……扔来扔去啊……就在他要解决柯南的时候，琴酒等人乘直升机赶来，求证IRISH已经拿到名单。 可是就在IRISH拿出名单的SD卡，在琴酒的要求下不断向前走之后，基安蒂开枪打穿了SD卡跟他的胸膛…… 柯南想救IRISH，这时IRISH明白了贝尔摩得为何要掩护柯南，他说：“工藤新一，你只要一直追查真相就好！”然后他就为了保护柯南被打死了…… 之后琴酒抓狂了，开始用飞机上的机关枪疯狂扫射，（估计是要看看有没有旁边听到的人……）直升机的探照灯不停的照到躲避中的柯南，机枪一次次的从他身边扫过，可是仅仅只是打中一下。 而琴酒还有飞机中的其他三人，居然都没有看到柯南。 就在柯南被逼入绝境（真面目快给看到了）的时候，巧用博士的新发明（加强的伸缩背带），不但脱险，还打掉了琴酒的飞机。 众多警察赶到，营救成功，欢喜大结局！ 看到飞机坠落、爆炸，骑着机车在周围转的贝尔摩得不禁露出笑容：“真不愧是银色子弹呀！” 后来柯南得到消息，直升机的残骸中没有任何人的遗体……也就是说，肯定是在坠落前跳伞离开了直升机。